鎌倉時代は、革新的な新仏教が一斉に起こった時代です。仏教は、それまでの主に貴族などの特権階級の信仰であったが、鎌倉時代になると、新興階級である武士、さらに庶民も信仰するようになります。解釈やニュアンスを変えて、より実生活や地域に根付いた仏教に進化発展し、後に鎌倉仏教と呼ばれるようになります。従来の貴族を対象とした経典の研究や鎮護国家の思想から、より個人の悟りや社会の救済を目指した信仰として深まります。鎌倉時代には、法然・親鸞・日蓮・栄西・道元・一遍ら個性的な「新仏教」の宗祖が活躍します。

鎌倉時代に入って武士が力をもつようになると、五輪塔、宝篋印塔、多宝塔などさまざまな墓石が盛んに建てられるようになります。これらは仏教に帰依した人たちによって建てられますが、この流れは、武士が長期にわたって引継ぎ、南北朝時代から戦国時代にかけても建立されていきます。しかし、庶民の墓は、死者が埋葬された場所に小さな石をのせるだけという簡単なものでした。

鎌倉時代には、火葬が権力者を中心に広まり、徐々に庶民にも普及するようになっていきます。仏教の死生観も徐々に一般庶民に広まったことで、葬儀も執り行われるようになっていきました。火葬は高貴な弔い方でしたが、火葬場の数は少なく、火葬の技術も未熟であったことから、土葬と火葬の両方が並行して行われていました。

現在の神奈川県鎌倉市には、横穴式墳墓も現存しています。これを「やぐら」と言いますが、山を横に掘って墓にしたものです。鎌倉市一帯の土壌は「鎌倉石」と言われる砂岩なのですが、この土壌だからこそできた独特の墓です。「やぐら」には、火葬後の骨を埋めました。当時は穴の中は装飾・彫刻を施し、副葬品を置いて豪華な墓だったようで、墓と言うよりも、死者を供養する場所だったと考えられています。北条政子もやぐらに納められています。しかし、鎌倉市内では土を掘り返すと、昔の遺骨が出てくることはしばしばあります。21世紀の現代になっても、これによって、建設工事がストップします。合戦によって命を落とした人や病気で野垂れ死んだ人、飢饉で餓死した人は、そのまま放置され、野原のあちらこちらに散らばっていたものと見られています。一部には、11人士を弔った碑が建てられていたりもしますが、貧富の格差も大きく、余裕がない時代には、人のことなどかまっていられなかったのかもしれません。

室町時代や戦国時代は、やはり主流は土葬だったと思われます。山がある地域では村の人々が協力して山の一部を切り開いて墓地にしたり、海や川が近くにあればムシロに包んで流したりとか、とその地域ごとに葬り方は様々です。中でも多くの人口を抱えた都では、少しばかり離れた野原に多くの死者を捨て、風化するままに放置していたともいわれています。頻繁に子供も大人も死ぬ昔の死は日常の一部であり、死者と生者の世界は切り離せるものではありませんでした。

応仁の乱以降には、寺院の境内に墓地を設ける例もあります。京中寺院における埋葬は相変わらず禁止されていましたが、それ以外の阿弥陀寺や知恩寺に対しては、特例として境内への土葬が許可されていました。これが現在の寺院墓地の始まりとなっています。